Esta labor se lleva haciendo durante miles de años en la naturaleza y aunque hoy en día contamos con una gran tecnología en lo referente a depuradoras de agua, tratamientos y demás, las grandes plantas donde se tratan las aguas residuales siguen contando con la ayuda de las bacterias para que éstas asuman parte del proceso, aunque hay que destacar que no toda clase de bacterias ayudan a descomponer.

Las bacterias aeróbicas o aerobias operan normalmente en aquellos sistemas abiertos que cuentan con un suministro de oxígeno como pueden ser los humedales o estanques de retención de aguas residuales. Su labor consiste en consumir los residuos orgánicos así como el oxígeno, expulsando agua y dióxido de carbono como productos de desecho. Juegan un papel muy importante dentro de los ecosistemas naturales dado que contribuyen a mantener los niveles de agua consumidos por el efecto de la evaporación.

En las plantas de tratamiento de aguas residuales, el agua es sometida a un proceso de filtrado antes de que pase a los estanques de retención y también reciben una desinfección química antes de salir de la planta.

Por su parte las bacterias anaerobias funcionan bien en sistemas cerrados como pueden ser los tanques sépticos, consumiendo residuos orgánicos y excretando metano y sulfuro de hidrógeno, ambos tóxicos. El agua residual pasa a un tanque séptico donde poco a poco se va asentando a medida que se va separando en una capa de espuma, una capa media de agua y una tercera capa de lodo.

La función de las bacterias en la capa de lodo es comer tanto como se pueda, los restos no comestibles son bombeados de manera periódica. El agua que se encuentra en la capa media se mantiene llena de bacterias y virus  y aún necesita pasar por un filtrado, para lo que se lleva a las líneas de lixiviación, donde serpenteará por diferentes tubos perforados bajo tierra y el suelo filtrará el agua filtrada hacia el suministro de agua subterránea o finalmente se evaporará en el aire.

Todos estos procesos no serían posibles sin la presencia de bacterias aerobias y anaerobias, con lo que el agua tratada puede llegar a ser de nuevo utilizada y con un índice bajísimo de presencia de agentes peligrosos.